KOMMERZIELLE LÖSUNGEN FÜR DIE BEREICHE BIOTECHNOLOGIE UND MEDIZIN
Flyer zu Lösungen für Bioinformatik (PDF 1,4 MB)
Bioinformatik
BIOINFORMATIK
Verknüpfen Sie Ihre Daten mit unseren Datenbankquellen in Mathematica, führen Sie komplexe symbolische und numerische Berechnungen durch, stellen Sie Ihre Ergebnisse grafisch dar, erzeugen Sie interaktive Berichte oder sogar Ad-hoc-Applikationen — und das alles in einem einzigen System mit Hilfe eines integrierten Arbeitsablaufs.
Die Bioinformatiklösungen von Mathematica integrieren nahtlos fachspezifische Funktionen — wie beispielsweise den integrierten Zugriff auf Genom- und Proteindaten und Alignmentsequenzen — wobei Ihnen eine in höchstem Maße automatisierte und zuverlässige Berechnungs-, Entwicklungs- und Softwareverteilungsumgebung zur Verfügung gestellt wird.
- Berechnungen mit Hilfe des integrierten Zugriffs auf menschliche Genom- und Proteindatenbanken.
- Visualisierung der Proteinfaltung mit Hilfe des integrierten Zugriffs auf Proteinstrukturdatenbanken.
- Durchführen von Sequenzalignments mit Hilfe von lokalen oder globalen Alignmentmethoden.
- Dotplot-Darstellung von zwei nah verwandten Proteinsequenzen.
- Erstellen von neuen grafischen Darstellungen der Interaktionsnetzwerke von Genen.
- Visualisierung des Netzwerks von Interaktionen zwischen Aktin-Bindungen und Zelladhäsionen bei Genen
- Clusteranalyse mit Hilfe von standardmäßigen Metriken zur Analyse von Sequenzähnlichkeiten.
- Darstellen der Cluster von DNA-Sequenzen basierend auf ihrer globalen Ähnlichkeit mit zwei Referenzsequenzen.
Schlüsselfunktionen
SCHLÜSSELFUNKTIONEN
Bioinformatik-spezifische Funktionen:
- Standardmäßiger Zugriff auf ständig aktualisierte Daten zum menschlichen Erbgut
- Standardmäßig integrierte Schnittstelle zu allen menschlichen Referenzproteinen
- Schnelle Suche nach genauer Übereinstimmung von Sequenzen im menschlichen Genom
- Zugriff auf Informationen von Genstrukturen, Metadaten von Genfunktionen und Daten aus dem Bereich der Ontologie
- Zugriff auf Chromosom- und Bandinformationen
- Einfacher Import von GenBank, FASTA, PDB und anderen Datenformaten
- Sequenzalignment mit Hilfe von lokalen oder globalen Methoden wie Smith-Waterman, Needleman-Wunsch und anderen
Stellt Bioinformatikdaten bereit, die sofort für Berechnungen verwendet werden können
Genomdaten
Zugriff auf die gesamte DNA-Sequenz des menschlichen Erbguts
Proteindaten
Zugriff auf Daten zu allen menschlichen Referenzproteinen
Chemische Daten
Physikalische, chemische und molekulare Eigenschaften von mehr als 34.000 Verbindungen
- Funktionen für zusammenhängende und nicht zusammenhängende Subsequenzen
- Partitionieren von Daten mit Hilfe der Cluster-Analyse, der Nächste-Nachbar-Methode (kNN) und vieles mehr
- Umfangreiche Verlinkungs- und Konnektivitätsmöglichkeiten zu Datenbanken und Java-, C- und .NET-Codes
- Erweiterte Zeichenketten und allgemeine Listenmanipulationen, einschließlich ordnungsgemäßer Schreibweise von Ausdrücken
Vorteile von Mathematica
VORTEILE VON MATHEMATICA
Vergleichen Sie Mathematica mit Ihren momentanen Tools. Verfügen diese ebenfalls über diese Vorteile?
- Integrierte Schnittstelle zu Genom- und Proteomdatenbanken, die ohne Vorarbeit sofort verwendet werden können
Wettbewerbshinweis: Ausschließlich in Mathematica verfügbar - Höhere Programmiersprache mit umfangreicher GUI-Bibliothek zum schnellen Erstellen von Applikationsprototypen
Wettbewerbshinweis: BioPerl, BioJava und BioPython erfordern umfangreiche Programmierung zum Erstellen von Prototypen interaktiver Anwendungen - Leistungsstarke und integrierte Statistik- und Grafiktools zum Analysieren von genomischen, proteomischen und anderen Daten
Wettbewerbshinweis: R-Projekte wie Bioconductor konzentrieren sich ausschließlich auf genomische Daten - Integrierte komplexe Berechnungen und automatisches Erzeugen von Berichten
Wettbewerbshinweis: BioPerl, BioJava und BioPython bieten keine automatische Berichtserzeugung - Bedienerfreundliche Parallelisierungsalgorithmen zum Lösen berechnungs- und datenintensiver Fragestellungen auf Mehrprozessorsystemen
Wettbewerbshinweis: Zum Parallelisieren von Prozessen in allen anderen Systemen ist umfangreicher Programmieraufwand erforderlich - Die auf symbolischen Funktionen beruhende Programmarchitektur ermöglicht einen flexiblen Workflow auf hohem Niveau
Wettbewerbshinweis: R verfügt nicht über integrierte, symbolische Funktionalität
Einsatzmöglichkeiten
EINSATZMÖGLICHKEITEN
- Schnelles Suchen innerhalb des menschlichen Genomdatensatzes
- Erzeugen von Sequenzalignments, die in weiteren Berechnungen verwendet werden können
- Schnelles Visualisieren von großen und umfangreichen Sequenzalignments
- Schnelles Vergleichen von Genstrukturen
- Raytracing von Proteinen mit Hilfe von Proteinstrukturdaten, freie Auswahl von Objekt- und Farbdaten
- Unmittelbares grafisches Darstellen der Sequenzalignments von Proteinen
- Verwenden von integrierten Proteinstrukturdaten zum Erzeugen von Ramachandran-Diagrammen, Darstellung von Proteinfaltungen und vieles mehr
- Visualisierung von Interaktionsnetzwerken von Genen
- Schnelles Entwickeln und Testen von Algorithmen
- Einfache Integration von Altdaten zusammen mit Genom- und Proteindatenbanken zur gemeinsamen Verwendung in einer mächtigen Rechenumgebung
- Erstellen von Applikationen und ihre interaktive Verteilung mit Mathematica Player und Mathematica Player Pro
Fallstudien
FALLSTUDIEN IM BEREICH BIOINFORMATIK
Fallstudien
Mathematica wird in vielen der größten Organisationen eingesetzt:
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Dokumentation
RELEVANTE DOKUMENTATION
Anleitungen zu Mathematicas Funktionen im Bereich Bioinformatik
Tutorials zur Verwendung von Mathematica bei bioinformatischen Aufgabestellungen
Weiterführende Informationen zu Mathematicas bioinformatischen Funktionen |