Wolfram Drittentwickler-Pakete – Pathway Lab Research Edition

Kompatibel zu Mathematica 10

Pathway Lab Research Edition

Modellierungs- und Simulationswerkzeug für biochemische Netzwerke

PathwayLab Research Edition ist ein Mathematica-Zusatzpaket für die Analyse, Visualisierung und Dokumentation biochemischer Signalwege. PathwayLab Research Edition erlaubt in silico Signalwege und damit assoziierte Daten im Hinblick auf die zu erforschende Krankheit zu visualisieren und dokumentieren. Durch die Möglichkeit, Signalwege zu modellieren, die kinetische, Ausdrücke zu Erbfaktoren und funktionale Daten zu integrieren, wird PathwayLab Research Edition zu einem effizienten Werkzeug zum Testen von Hypothesen zur Vorhersage und Analyse von Krankheits-Signalwegen. Dadurch können Forscher besser interpretieren, neue Einsichten entwickeln und bessere Entscheidungen treffen hinsichtlich der Ursachen von Unregelmäßigkeiten und der Wirkung potentieller Wirkstoffe.

Wurde ein Modell eines Signalwegs in PathwayLab Research Edition bestimmt, können verschiedene Methoden zur Analyse eingesetzt werden. Bei einer stationären Analyse wird die Reihe der Konzentrationen der biochemischen Einheiten eines Modells so berechnet, daß diese mit mit konstanten Konzentrationen und Reaktionsraten korrespondieren.Eine instationäre Analyse berechnet andererseits, wie Konzentrationen und Strömungen von Einheiten in Signalwegen sich im Lauf der Zeit dynamisch verändern. PathwayLab Research Edition unterstützt darüber hinaus die Analyse der Stoffwechseleinstellung (Metabolic Control Analysis, kurz: MCA) für die systematische Untersuchung, wie enzym-katalysierte Stufen innerhalb eines Signalswegs oder eines Netzwerks eine bestimmte Reaktionsrate beeinflussen. Die MCA stellt ein Ranking von Enzymen in Hinsicht auf ihren relativen Einfluß zur Verfügung. Auf diese Weise können Modelle von Signalwegen zu Untersuchung und Interpretation herangezogen werden. Sie geben Auskunft darüber, ob die Veränderung der Aktivität durch potentielle Vorgaben bei der Entwicklung von medizinischen Wirkstoffen tatsächlich in einem breiteren biologischen Kontext steht. Die Parametereinstellungen eines Signalwege-Modells besitzen häufig eine bedeutende Auswirkung auf ihr Verhalten. PathwayLab Research Edition bietet dafür einen automatisierten Mechanismus für das Scannen von Reihen von Parametern an, um akzeptable Werte zu ermitteln. Verhaltensinformationen (z. B. kinetische Formeln, Parameter und Massenbilanzen) von implementierten Signalwege-Modellen können einfach mit dem PathwayLab Research Edition Report-Werkzeug summiert werden. Zusätzlich lassen sich Gleichungen und Parameter vollständig für die weitere Verwendung in Mathematica exportieren.

 

Features

  • PathwayLab Research Edition reduziert die Komplexität von Signalwegen und bietet eine Qualitätsverbesserung bei Hypothesen, wodurch ein effizienterer Einsatz von wet-bench Experimenten erreicht werden kann.
  • Einfache Erstellung und Verwaltung von Signalwegen.
  • Intuitiv und leicht lesbare Symbole.
  • Einfache Erstellung einer benutzerspezifisch angepaßten Symbol-Bibliothek.
  • Auto-Layout-Funktion.
  • Gute Integration in Microsoft Office.
  • Optimierung von Zeichnen- und Layout-Funktionen.
  • Einfach Integration von Datenbank-Informationen.
  • Verlinkung zu existierenden Signalwege-Daten.
  • Web-Export.
  • Unterstützung einer Dokumentationsfunktion.
  • Dynamische biochemische Simulation.
  • Empfindlichkeitsanalyse
  • Analyse der Stoffwechseleinstellung (MCA)
  • Robuste stationäre Analyse
  • Zugang zu den mathematischen Formeln.
  • Reporterzeugung.
  • Import von experimentellen Daten.
  • Export nach Mathematica
  • Automatisiertes Parameter-Scannen.

Zusammenspiel mit Mathematica

Das Zusatzpaket integriert sich vollständig in Mathematica.

Mathematica ist ein Softwaresystem zur Lösung von Problemstellungen, in denen Berechnungen (Numerik, Symbolik), 2D- und 3D-Visualisierungen, Modellgenerierungen und Simulationen notwendig sind. Mathematica ist ein modulares mathematisches Werkzeugsystem mit einer nahezu unendlichen Vielfalt von Funktionen und Algorithmen. Es präsentiert sich dem Anwender in einer plattformunabhängigen Benutzeroberfläche - dem Notebookinterface - mit integrierter Textverarbeitung, 4GL-Programmiersprache, offener Programmarchitektur und dynamischen, frei definierbaren Symbolpaletten.
Für den erfahrenen Mathematica Anwender wird damit das Nutzen der Funktionen nahezu zum Kinderspiel, denn jede Funktion verhält sich wie alle anderen Mathematica-Funktionen. Für den Neuling gibt es ein interaktives Tutorial zur schnellen Einarbeitung in Mathematica selbst und dann jeweilige Tutorials zur Einarbeitung in das Zusatzpaket.
Viele der Funktionen des Zusatzpaketes sind in Mathematica selbst programmiert und einige liegen im Mathematica Programmiercode vor, so dass diese individuell anpassbar/erweiterbar sind.

Die komplette Dokumentation ist online verfügbar und integriert sich bei der Installation in den Help-Browser und ist damit ebenfalls vollständig in Mathematica enthalten.

Erfahren Sie hier mehr zu Mathematica.

Systemvoraussetzungen

  • Mathematica ab Version 7
  • Microsoft Visio 2002/2007/2010
  • Windows XP, Vista, 7

 Hier geht es zu den Systemvoraussetzungen von Mathematica.

Downloads

Datenblatt als PDF bei Wolfram Research

Weitere Informationen zum Funktionsumfang von Pathway Lab auf den Webseiten von Wolfram Research

Preisinformation

Für ein Angebot zu Pathway Lab wenden Sie sich bitte per E-Mail an Diese E-Mail-Adresse ist vor Spambots geschützt! Zur Anzeige muss JavaScript eingeschaltet sein! oder telefonisch unter +49 (0) 61 72 - 59 05 - 30 an unser Vertriebsteam.

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